Александр Трофимович специализировался на кафедре физиологии и биохимии растений. Под научным руководством Александра Алексеевича Землянухина занимался очисткой и изучением свойств фермента аконитазы. В 1982г. он защитил кандидатскую диссертацию, а в 1995г. – докторскую. В 1997г. Александру Трофимовичу было присвоено ученое звание профессора. Неоднократно ему присваивали звания Соросовский доцент и профессор. В 2010 г. Александр Трофимович стал заслуженным деятелем науки РФ. Вот уже почти 25 лет Александр Трофимович заведует кафедрой биохимии и физиологии клетки. Всё это время кафедра успешно развивается и совершенствует методологию научных исследований и образовательного процесса. Оснащение учебных и научных лабораторий и подготовка специалистов идет в ногу со временем и соответствует самым высоким требованиям. Наряду с развитием традиционных направлений, была создана мощная лаборатория молекулярной биологии, оснащённая необходимыми приборами, которая позволила вывести научные исследования на кафедре на самый современный уровень. Под руководством Александра Трофимовича создано новое научное направление – биохимические и молекулярно-генетические механизмы адаптивной реакции клеточного метаболизма организмов к стрессовым условиям. Интенсивные исследования роли глиоксилатного цикла и цикла трикарбоновых кислот в адаптации растений, животных и микроорганизмов к меняющимся условиям внутренней и внешней среды выявили универсальную роль в этом процессе глиоксилатного пути. Большой интерес представляет изучение роли изоферментов в переключении метаболических потоков, обуславливающих приспособление организма к экстремальным факторам. Показано, что одним из эффективных механизмов адаптивной реакции клеточного метаболизма является экспрессионная регуляция генов ферментов цикла Кребса и глиоксилатного пути.

У Александра Трофимовича более 750 опубликованных работ, в т.ч. в журналах с импакт-фактором 3-5, его индекс Хирша (WoS) – 12. По результатам исследований опубликовано 7 монографий. Он подготовил более 30 кандидатов наук.